EB病毒感染有多樣的并發(fā)癥，主要有以下幾類：
第一：血液系統(tǒng)，可以有Coombs試驗陽性的自身免疫性溶血性貧血。多出現(xiàn)于病程到一到兩周，且大多可在一個月內(nèi)停止發(fā)展，也可以發(fā)生粒細胞減少，全血細胞減少或免疫性血小板減少性紫癜。
第二：神經(jīng)系統(tǒng)，約0.37%到7%的患兒可以出現(xiàn)神經(jīng)系統(tǒng)的并發(fā)癥，癥狀的差異比較大，可以包括腦炎、無菌性腦膜炎、格林巴利綜合征等。
第三：消化系統(tǒng)，國外資料顯示，80%到90%的EB病毒感染的患兒可以發(fā)生肝功能損害。
第四：呼吸系統(tǒng)，偶爾可因扁桃體炎明顯的腫大，以及咽部淋巴結(jié)組織增生引起的呼吸或者吞咽困難。
第五：心臟的并發(fā)癥一般不常見，約占1%到6%，電圖可見非特異性t波改變。
第六：眼部的改變，可以合并結(jié)核膜炎、視神經(jīng)炎、葡萄膜炎等。
第七：泌尿系統(tǒng)的并發(fā)癥，可以出現(xiàn)血尿、蛋白尿、腎炎、腎病綜合征等。
其他的也可以合并腮腺炎、睪丸炎、中耳炎等。
