雖然到目前為止，病因沒有完全的明確，但是考慮跟感染腸壁血循環(huán)障礙，飲食不當(dāng)，免疫功能低下等多種因素綜合損傷有關(guān)。
腸壁黏膜缺血缺氧性損傷，主要有有新生兒窒息，肺透明膜病，嚴(yán)重的敗血癥，休克等危及重癥時會出現(xiàn)腸管而血流量明顯減少，導(dǎo)致腸黏膜缺血壞死，新生兒紅細(xì)胞增多癥，早產(chǎn)兒，低體重患兒，容易發(fā)生血液濃縮血液黏稠度增高，而致心排血量減少，進(jìn)而發(fā)生腸黏膜微循環(huán)障礙。人工喂養(yǎng)兒奶粉配制的過濃，及高滲藥物容易在腸道內(nèi)，需吸收大量水分而轉(zhuǎn)化為等滲溶液，直接影響到血容量和腸系膜的血液灌注，導(dǎo)致腸黏膜的損傷，還有重癥的肺炎休克，低血壓等等。
如心臟手術(shù)后栓塞性疾病，脈管性疾病和血栓形成性疾病也可以出現(xiàn)，感染，一般起病急發(fā)熱中毒癥狀比較明顯。
還有腸功能失調(diào)，感染窒息休克等多種原因極易導(dǎo)致腸功能，和梗阻和代謝產(chǎn)物排泄受阻，腸擴(kuò)張壓力增加而導(dǎo)致。
免疫功能低下，尤其是新生兒，早產(chǎn)兒，低體重兒，一些免疫球蛋白分泌不足，胃腸道屏障功能薄弱及易發(fā)生感染，而造成腸炎壞死。
